El ser humano ha entendido las diferentes formas de vida a través de la observación, distinguiendo las similitudes y diferencias de los organismos y, encaminado a registrar y ordenar este conocimiento, ha clasificado a los seres vivos en diferentes categorías. A lo largo de la historia han existido muchas clasificaciones de los organismos. Cada una de ellas respondió a las necesidades y conocimientos de la época en que se llevó a cabo, pero siempre se ha buscado que la clasificación cumpla con dos requisitos: abarcar a todos los seres vivos conocidos en ese momento y que ninguno se pueda ubicar en dos categorías diferentes.

La primera división data del Siglo IV a.C. por Aristóteles, quien dividió a los seres vivos en aquellos que tienen únicamente capacidad de reproducción, crecimiento y nutrición (vegetal) y los que, además de estas características, poseen la capacidad de movimiento y de recibir estímulos y reaccionar ante ellos (animal). Durante el Siglo XIX, se comprendió que había muchos organismos con características intermedias entre los reinos vegetal y animal, y se propusieron alternativas que admitían tres o cuatro reinos, destacando el sistema de tres reinos de Ernst Haeckel, quien propuso el reino protista para agrupar a aquellos organismos unicelulares o pluricelulares con características intermedias entre animales y vegetales. Ya en el Siglo XX, varios autores fueron conscientes de que entre los organismos unicelulares había seres vivos radicalmente diferentes. Concretamente se observó que algunos organismos unicelulares tienen núcleo mientras que otros carecen de él, afianzando de esta manera la idea de cuatro reinos: planta, animal, protista y monera. Este último reino fue propuesto por Herbert Copeland y en él agrupó a las bacterias.

En la actualidad, gracias al desarrollo de la biología y particularmente la sistemática, que es la ciencia que estudia la diversidad biológica, la clasificación de las especies, y las relaciones evolutivas entre los organismos vivos, se sabe que, independientemente de las semejanzas morfológicas, las especies deben cumplir con otros rasgos comunes, como el tipo de respiración, reproducción, locomoción y células, para ser reconocidas dentro de un reino determinado.

Durante la segunda mitad del Siglo XX, el primero que distribuyó a los seres vivos en cinco reinos fue el ecólogo Robert Whittaker. Este investigador propuso un esquema de clasificación considerando los siguientes criterios: el tipo celular (procariontes y eucariontes), el nivel de organización (unicelular o pluricelular), el tipo de nutrición (autótrofa o heterótrofa) y el tipo de reproducción (sexual o asexual). Quedan establecidos, de esta manera,  los cinco Reinos: Monera, Protista, Fungi, Plantae y Animalia

En 1977, Carl Woese, al frente de un grupo de investigadores, propone la modificación del Reino Monera al encontrar que las bacterias tienen diferentes tipos de metabolismo. Propone dividirlas en dos grandes grupos que nombró Bacteria y Archaea. Con este cambio, establece tres linajes evolutivos: Archaea, Bacteria y Eukarya. Actualmente la clasificación de Woese es la más aceptada entre la comunidad científica.

En años más recientes (1998), investigadores como Lynn Margulis, Karlene V. Schwartz y Thomas Cavalier-Smith han evidenciado características importantes para sugerir cambios en la clasificación de los seres vivos.

La ciencia no es estática y por lo tanto, las clasificaciones de los seres vivos cambian según el desarrollo tecnológico y científico que nos permite hacer uso de nuevas herramientas para comparar los organismos. Asimismo, avances en la sistemática y genética molecular hoy en día mantienen valiosas e interesantes discusiones acerca de cuál es la mejor forma de organizar las diferentes y numerosas formas de vida.