El argumento se centra en lo que ocurre al fotógrafo catalán Francesc Boix, quien decide continuar la lucha contra el fascismo en la Segunda Guerra Mundial, después de derrotada la República en España. Los nazis toman prisionero a Boix y lo envían a Mauthausen, donde se convierte en ayudante de un fotógrafo al servicio de las SS alemanas. En su trajinar cotidiano, Francesc va ingeniándoselas para guardar los negativos de cientos de fotografías que el oficial alemán ha tomado a los presos que mueren ejecutados, de cansancio, de enfermedad, colgados en los alambres de púas o simplemente por un arrebato de ira de algún oficial nazi.

El fotógrafo, oficial alemán, tiene la manía de grabar las peores vilezas de los fascistas, con lo que involuntariamente crea el acervo gráfico del que Boix va sustrayendo los negativos, cuya recopilación permite evidenciar la maldad, inmundicia y sordidez del alma fascista. En el taller de fotografía, Boix se va ganando la confianza del oficial; pero en una ocasión se ve obligado a golpearlo y a destruir parte del equipo tras el ahorcamiento de un camarada suyo a quien se le descubre un aparato de radio hechizo con el que los confinados se habían enterado –entre otras cosas– de que los alemanes habían perdido la batalla de Stalingrado. Este arranque le vale su encierro en una celda y sesiones de tortura para que confiese dónde esconde los negativos.

Cuando el ejército soviético obliga a los nazis a huir de Mauthausen, los presos españoles son subidos a un camión dotado con una cámara de gas donde planean ejecutarlos; repentinamente se corta la manguera que provee el dióxido de carbono se corta; cuando los oficiales nazis se dan cuenta, obligan a bajar del vehículo a los condenados para obligarlos a arrodillarse y darles un tiro en la cabeza.

Pero la proximidad de las fuerzas militares soviéticas espanta a los verdugos y salva de la muerte a los prisioneros españoles. Toda la soldadesca germana tiene que huir. El oficial hitleriano más sanguinario muere como muchos prisioneros que ordenó ejecutar, es decir, colgado en los alambres de púas, desnudo y con letras pintadas en su cuerpo.

El Fotógrafo de Mauthausen es un testimonio crítico de la perversión humana y una exposición clara de las manifestaciones más inhumanas del régimen capitalista. La cinta orienta sus denuncias contra el fascismo, pero las víctimas de esta historia cinematográfica ya no son los judíos, sino los luchadores comunistas españoles. Por ello, este filme ya no es el trillado alegato de los defensores del sionismo y no podemos considerarlo como la habitual y sutil propaganda imperialista que trata de manipular las conciencias de cientos de millones de seres humanos, a quienes se les quiere inocular la idea de que los judíos son un pueblo “perseguido” y que todas las iniquidades que hoy están cometiendo en Palestina son parte de su “derecho a defenderse”.