Para garantizar indicadores de seguridad y eficiencia en la operación, la Secretaría de la Defensa Nacional (Defensa) y personal del Tren Maya clasificaron como peligrosas a especies endémicas y en vías de extinción, entre ellos el jaguar, el tapir y el venado, por ello, se contrató un servicio de manejo de fauna nociva, que incluye ahuyentar, capturar, trasladar o incluso sacrificar a los animales que se encuentren cerca del paso de este medio de transporte.

Según el contrato con la empresa Susoma Soluciones Ambientales, S. de R.L. de C.V., se contempla el sacrificio de animales bajo la NOM-033-SAG/ZOO-2014, la cual regula los métodos para dar muerte a los animales de manera que se garantice su bienestar y se minimice el dolor. Este servicio, que tiene un costo de nueve millones 106 mil 290 pesos, está habilitado desde el pasado 3 de septiembre de 2024 y se mantendrá hasta el 31 de diciembre de este año.

Diversas organizaciones ambientalistas han condenado estas prácticas, argumentando que la biodiversidad del país no debe ser sacrificada en nombre del progreso. Señalaron que la Península de Yucatán, uno de los ecosistemas más ricos en biodiversidad del planeta, alberga especies en peligro de extinción como el jaguar, el ocelote, el puma, el jaguarundi, murciélagos y primates, entre ellos el mono aullador y el mono araña.

Las organizaciones subrayaron que estas medidas no sólo representan un ataque directo a la fauna local, sino también una violación a las leyes ambientales nacionales y a los compromisos internacionales de conservación del medio ambiente.