En 2020, el Gobierno de Jalisco y la Comisión Nacional del Agua (Conagua) firmaron un convenio para transferir recursos federales con el fin de sanear el Río Santiago y el Lago Chapala; el organismo de agua debía transferir el dinero una vez aprobado el presupuesto por la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, mientras que Jalisco reportaría mensualmente el avance de los proyectos; a pesar de que se estableció la transferencia de miles de millones de pesos y mecanismos de vigilancia para su uso, las autoridades locales informan que los fondos nunca llegaron.
A pesar de la formalización del convenio del 8 de octubre de 2020, la Secretaría de Gestión Integral del Agua del Gobierno de Jalisco confirmó que no se recibieron los fondos. La dependencia indicó que, aunque se iniciaron gestiones para la transferencia de recursos, el Gobierno Federal informó que no fue posible asignar los fondos por problemas técnicos y jurídicos.
El reporte de la Secretaría de Gestión Integral del Agua proyectaba una transferencia de tres mil 566.8 millones de pesos. Estos fondos estaban destinados a varios proyectos, entre ellos ampliar la capacidad de las plantas de tratamientos de aguas residuales PTAR El Ahogado en Tlajomulco de Zúñiga y PTAR Río Blanco en Zapopan, con una inversión de mil 714 millones de pesos; descargas San Gaspar, Osorio y San Andrés en Guadalajara y Tonalá, con mil 635 millones de pesos para la conducción de aguas residuales a la planta de tratamiento Agua Prieta; además poner en marcha nuevas plantas en diversos municipios con 217.8 millones de pesos.
La falta de transferencia de recursos y la imposibilidad de ejecución de los proyectos comprometidos reflejan una brecha significativa entre los acuerdos formales y su implementación real. Las autoridades locales y la comunidad esperan una resolución que permita finalmente la mejora en el saneamiento de estos cuerpos de agua.